Kurikulum Sekolah dan Madrasah Persatuan Islam merupakan perpaduan antara kurikulum khas Pesantren yang digabungkan dengan kurikulum Sekolah Pemerintah (Diknas dan Depag).
Struktur Program Kurikulum Mu’allimin dan Madrasah Alyah Persatuan Islam 96 Lempong setiap minggu terdiri dari: 50 jam Pelajaran (JP) Kurikuler dan 5 JP Ekstra-Kurikuler. Kegiatan Kurikuler di kelas dilakukan mulai jam 07.00 sampai jam 13.30. Sedangkan ekstra Kurikuler dilaksanakan siang dan sore hari. Santri yang tinggal di asrama memperoleh tambahan berupa ngaji “Kitab Kuning”, latihan pidato, ngaji Alquran setiap subuh, belajar mandiri dan belajar kelompok setiap sore dan malam hari, serta aktifitas ibadah dan sosial lainnya.
Mu’allimin dan Madrasah Aliyah menerima Lulusan Tsanawiyyah/SMP atau sederajat melalui tes, bagi santri yang berasal dari SMP atau belum memenuhi standar kompetensi diwajibkan mengikuti program matrikulasi pada smester pertama
Madrasah Aliyah PERSIS 96 Lempong telah terakreditasi B. Lulusannya mendapat ijazah Pesantren dan Madrasah Aliyah (setara Ijazah/STTB SMA) sehingga dapat melanjutkan pendidikan di Perguruan Tinggi Negeri/Swasta. Lulusannya diharapkan mampu untuk mengembangkan dirinya menjadi ‘Ulama/Zu’ama. Ijazah Mu’allimin dan Madrasah Aliyah PERSIS 96 Lempong memperoleh mu’adalah (penyetaraan) dari Universitas AlAzhar, Kairo, Mesir, sehingga lulusan Mu’allimin dapat diterima di Universitas AlAzhar dan perguruan tinggi lain di Timur Tengah
Penjurusan: Penjurusan dilaksanakan mulai kelas 2 Mu’allimin (Kelas X MA). Pemilihan jurusan didasarkan pada minat, bakat, dan kemampuan santri yang mengacu pada hasil prestasi belajar di kelas 1 dan psikotest. Jurusan yang tersedia meliputi Program/Jurusan sbb:
Struktur Kurikulum MA.S Persis Lempong
Tahun Ajaran: 2009-2010.
Komponen | Kelas dan Alokasi Waktu | |||
| X | XI | XII | ||
| A. 1. | Mata Pelajaran Al-Quran Hadits | 2 | 2 | 2 |
| 2. | Aqidah Akhlaq | 2 | 2 | 2 |
| 3. | Fiqih | 2 | 2 | 2 |
4. | Sejarah Kebudayaan Islam | 2 | 2 | 2 |
| 5. | Pendidikan Kewarganegaraan | 2 | 2 | 2 |
6. | Bahasa Indonesia | 4 | 4 | 4 |
7. | Bahasa Arab | 3 | 3 | 3 |
| 8. | Bahasa Inggris | 4 | 4 | 4 |
| 9. | Matematika | 4 | 4 | 4 |
| 10. | Ilmu Pengetahuan Alam Terpadu | 4 | 0 | 0 |
11. | Ekonomi | 2 | 4 | 4 |
| 12. | Sosiologi | 2 | 2 | 2 |
13. | Geografi | 1 | 3 | 3 |
14. | Sejarah | 1 | 3 | 3 |
15. | Pendidikan Jasmani, Olah Raga, dan Kesehatan | 2 | 2 | 2 |
16. | Keterampilan /Teknologi Informasi dan komunikasi | 2 | 2 | 2 |
17. | Seni Budaya | 2 | 2 | 2 |
| B. 1. | Muatan Lokal Bahasa Sunda | 2 | 2 | 2 |
2. | Tahsin Tahfidz Qur,an | 2 | 2 | 2 |
C. | Pengembangan Diri | 2*) | 2*) | 2*) |
Jumlah | 40 | 40 | 40 | |
